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En enero de 1963, los científicos Mitzy Canessa y Mario Luxoro se convertían en los primeros investigadores de este nuevo Departamento en el Instituto de Ciencias de la Universidad de Chile. Posteriormente, ya establecida la Facultad, se incorporó el Dr. David Yudilevich y un ayudante, Osvaldo Álvarez. También en este período inicial formaron parte del Departamento George Hodgson, Pablo Weisser, Humberto Maturana, Raúl Goldschmidt, Fernando Vargas, Eduardo Rojas, Jorge Allende, Catherine Connelly y Hermann Niemeyer, entre otros destacados científicos.

Las líneas de investigación que el Departamento cultiva han logrado importantes reconocimientos, muestra de ello es que varios de sus académicos han recibido el Premio Nacional de Ciencias (Hermann Niemeyer, Humberto Maturana, Mario Luxoro, entre otros). Actualmente la investigación realizada por los más de 40 académicos en el Departamento está financiada por proyectos altamente competitivos como FONDECYT, FONDAP, FONDEF, INNOVA, Anillo, FONDEQUIP, etc.

En línea con el compromiso por la formación académica, en el Departamento se dictó el primer doctorado en Ciencias de Chile, siendo la primera egresada la Dra. Cecilia Hidalgo (Premio Nacional de Ciencias).

Actualmente el Departamento ofrece tres programas de doctorado.